För att underlätta bedömningen av ett större antal sjöar eller vattendrag finns det möjlighet att använda MAGIC-biblioteket i "batch mode". Då läggs information om objekten som skall bedömas i en Excel-fil som läses in utan att varje objekt behöver skrivas in i inmatningsformuläret. Bedömningen sker på exakt samma sätt och informationen som krävs om objekten är densamma som vid bedömning interaktivt.
Batchversionen av MAGIC-biblioteket har till exempel använts för att bedöma försurningspåverkan på riksinventeringssjöar.